Ustawa określa zadania oraz właściwość organów i jednostek organizacyjnych w zakresie wspierania zrównoważonego rozwoju sektora rybackiego z udziałem środków finansowych pochodzących z Funduszu oraz warunki i tryb przyznawania, wypłaty oraz zwrotu pomocy finansowej na realizację działań objętych Priorytetami zawartymi w programie operacyjnym oraz działań w ramach pomocy technicznej.
Ustawa reguluje kwestie dotyczące realizowania działań w ramach sześciu Priorytetów, do których należą:
1) Promowanie rybołówstwa zrównoważonego środowiskowo, zasobooszczędnego, innowacyjnego, konkurencyjnego i opartego na wiedzy.
2) Wspieranie akwakultury zrównoważonej środowiskowo, zasobooszczednej, innowacyjnej, konkurencyjnej i opartej na wiedzy.
3) Wspieranie wdrażania Wspólnej Polityki Rybołówstwa.
4) Zwiększenie zatrudnienia i spójności terytorialnej.
5) Wspieranie obrotu i przetwarzania.
6) Wspieranie wdrażania zintegrowanej polityki morskiej.
oraz Pomoc techniczna.
Większość uregulowań zawartych w ustawie uwzględnia rozwiązania funkcjonujące w okresie programowania 2007–2013. Jest tak m.in. w przypadku podziału instytucjonalnego, warunków przyznania i zwrotu pomocy i pomocy technicznej, sprawozdawczości, monitoringu, ewaluacji oraz kontroli. W nowym okresie w odmienny sposób uregulowano podstawę przyznawania pomocy beneficjentom oraz pomocy technicznej. Oba rodzaje pomocy będą przyznawane wyłącznie na podstawie umów o dofinansowanie zawieranych z wnioskodawcami. Zrezygnowano w powyższym zakresie z przyznawania pomocy na podstawie decyzji administracyjnych. Ponadto przewidziano, że właściwym w sprawach dotyczących dochodzenia zwrotu pomocy pobranej nienależnie lub wykorzystanej niezgodnie z przeznaczeniem będzie Prezes Agencji Restrukturyzacji i Modernizacji Rolnictwa.
Warunki ubiegania się o pomoc finansową będą zbliżone do okresu programowania 2007-2013. W celu uzyskania wsparcia finansowego zainteresowany podmiot będzie musiał wystąpić do instytucji pośredniczącej z wnioskiem o dofinansowanie. W przypadku spełnienia warunków przyznania pomocy nastąpi podpisanie umowy o dofinansowanie. Wypłata środków nastąpi na podstawie wniosku o płatność lub umowy o dofinansowanie albo zlecenia płatności. Ustawa reguluje kwestie trybu przyjmowania i zmiany programu operacyjnego, podziału kompetencji pomiędzy instytucje odpowiedzialne za wdrażanie programu operacyjnego, wskazanie katalogu beneficjentów, treść wniosków o dofinansowanie oraz umów o dofinansowanie, systemu wypłaty pomocy finansowej beneficjentom tej pomocy, zwrotu nienależnie pobranej pomocy finansowej oraz przeprowadzania kontroli jednostek podległych Ministrowi Rolnictwa i Rozwoju Wsi.
W sposób zbliżony do kończącej się perspektywy finansowej 2007-2013, w nowej ustawie, zorganizowany został również system instytucjonalny. Zgodnie z systemem dla funduszy strukturalnych, obejmuje on::
1) instytucję zarządzającą, którą jest minister właściwy do spraw rybołówstwa;
2) instytucję certyfikującą, którą jest minister właściwy ds. finansów publicznych;
3) instytucję audytową, którą jest Generalny Inspektor Kontroli Skarbowej;
4) instytucje pośredniczące, którymi są:
a) Agencja Restrukturyzacji i Modernizacji Rolnictwa,
b) samorząd województwa.
Ponadto, ustawa przewiduje możliwość pełnienia funkcji instytucji pośredniczącej przez jednostkę sektora finansów publicznych lub fundację, której jedynym fundatorem jest Skarb Państwa – w zakresie priorytetu, o którym mowa w art. 3 ust. 1 pkt 6 (wspieranie wdrażania Zintegrowanej Polityki Morskiej), oraz w zakresie pomocy technicznej.
